Com o sistema de Capitanias Hereditárias, criado por D. João III a partir de 1534, teve início a colonização regular da colônia. Este sistema não se constituía em uma experiência totalmente nova, pois já havia sido empregado na colonização das ilhas portuguesas do Atlântico.
   A presença francesa e a situação desfavorável do comércio com o Oriente foram os fatores determinantes que desencadearam o início da ocupação. Esta foi realizada com base em recursos de particulares, pois os capitais disponíveis estavam concentrados no comércio oriental. Assim, o sistema de capitanias se constituiu em uma divisão do território brasileiros em lotes, de extensão variada, e concedidos a particulares interessados em vir colonizar com os seus próprios recursos.
   Dois documentos regiam o sistema: as cartas de doação e os forais. O primeiro realizava a doação do lote ao donatário e especificava quais os poderes de que estava investido. O segundo determinava os direitos e os deveres dos donatários. A capitania não podia ser vendida e o Estado português, em casos especiais, tinha o direito de retomá-la, mediante indenização ou confisco. O donatário (capitão-mor) podia fundar vilas e doar sesmarias. Este último direito era-lhe garantido pelo foral, que também permitia a livre exploração das minas, salvo o pagamento o quinto real.
   As dificuldades para o desenvolvimento das capitanias foram enormes, apesar das vantagens concedidas aos donatários. Alguns deles não vieram nem tomar posse das terras. Outros fracassaram pela falta de recursos financeiros, pelas hostilidades dos estrangeiros e dos indígenas, pelas dificuldades de comunicação com Portugal e pela falta de um organismo centralizador. Diante destas dificuldades, apenas duas capitanias conseguiram realizar o que a metrópole desejava: Pernambuco e São Vicente.
   Com finalidade de superar as dificuldades das capitanias e centralizar política e administrativamente a colônia, D. João III, em 1548, criou o Governo Geral. Essa centralização foi necessária para impedir o abuso de poder por parte dos donatários, combater mais eficientemente a pirataria, deter a hostilidade dos indígenas e incentivar a economia. Algumas atribuições dos donatários passarem para nova autoridade, mas as capitanias continuaram existindo normalmente. Além do cargo de Governador Geral, outros cargos foram criados, como o de Provedor-mor, encarregado da administração e arrecadação: o de Ouvidor-mor, com atribuições Judiciárias; o de Capitão-Mor-da-Costa, responsável pela defesa do litoral, além de outros cargos menores.
   O Governador Geral administrava de acordo com o Regimento e com as novas instruções que vinham de Portugal. Havia órgãos especializados como as Intendências e as Mesas de Inspeção, subordinadas diretamente à metrópole, não sofrendo interferência das autoridades constituídas na colônia. Sua função era essencialmente fiscalizadora e tributaria.
   O sistema de Governo perdurou até a vinda da família Real portuguesa, em 1808, apesar de algumas tentativas de divisão que ocorreram. A primeira foi a divisão em dois governos, um na Bahia e outro no Rio de Janeiro, de 1573, a 1578.
   Em 1621 foi criado o Estado do Maranhão, território que ia do Ceará até o extremo norte. O Estado do Brasil compreendia o restante da Colônia. Em 1737 o estado do Maranhão foi substituído pelo Estado de Grão-Pará e Maranhão que foi absorvido em 1774 pelo do Brasil. A partir de 1720 os governadores gerais passaram a utilizar o título de vice-rei, que lembrava menos um funcionário executante de ordens e parecia a própria personificação do sagrado poder monárquico.
   Em 1763, a capital da colônia foi transferida para o Rio de Janeiro, principalmente devido à exploração do ouro e às questões fronteiriças no sul.